Especies emblemáticas: bufeo, jaguar o tigre, pejichi, ciervo de los pantanos, lobito de río.
Especies amenazadas protegidas: bufeo, jaguar o tigre, ciervo de los pantanos, perrito de monte, borochi, marimono, manechi, oso bandera, anta, águila harpía, pava pintada, perdiz grande, paraba militar, caimán negro, tataruga, peta de río.

De manera general, todos los primates, carnívoros y artiodáctilos registrados en la llanura de inundación están mencionados en alguna categoría de conservación. Además, muchas especies se encuentran amenazadas por la destrucción de su hábitat, la ampliación de la frontera agrícola y ganadera, la extracción maderera y el comercio ilegal. La conservación de las diferentes especies es fundamental para mantener los ecosistemas saludables, sin ellas, se perdería la funcionalidad de los mismos y los recursos que nos proporcionan.